HMModeler

Entwicklung eines HMM Editors zur Modelierung von Proteinfamilien

Das Projekt integriert den HMModeler Ansatz zur expertenunterstützten Modellierung von Hidden Markov Modellen in das Bioinformatik Tool Chimera. Ausgehend von aus Strukturvergleichen abgeleiteten multiplen Sequenz Alignments werden die HMMs zunächst erzeugt und können dann vom Benutzer getuned werden. So ist es möglich, an bestimmten Positionen den Grad der Konservierung zu verändern und/oder die Möglichkeit von Insertionen/Deletionen zu steuern. 

 

 

Facts:

Team: S. Wegenkittl, P. Lackner, W. Umshaus, R. Graf, S. Shepard, M. Aigner,
         M. Lechner, D. Schroffner
Laufzeit:
 Jänner 2007 - Dezember 2012
Fördergeber: Austrian Marshall Plan Foundation
Kooperationspartner: FB Molekularbiologie, Paris Lodron Universität Salzburg